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Current microbiology. 2025 May 17;82(7):291. doi: 10.1007/s00284-025-04268-0 Q32.62025

Genomic Features of E. ruysiae Associated with the Ecological Origin: Implications for the Environmental Hypothesis

与生态起源相关的E.ruysiae基因组特征：对环境假说的意义 翻译改进

Martín Saraceno  1  2, Nicolás Frankel  2  3, Martín Graziano  4  5

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作者单位

  • 1 Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires (IEGEBA), CONICET - Universidad de Buenos Aires, 2160 Intendente Güiraldes St., C1428EGA, Buenos Aires, Argentina.
  • 2 Departamento de Ecología, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Genética y Evolución, Universidad de Buenos Aires, 2160 Intendente Güiraldes St., C1428EGA, Buenos Aires, Argentina.
  • 3 Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias (IFIBYNE), CONICET - Universidad de Buenos Aires, 2160 Intendente Güiraldes St., C1428EGA, Buenos Aires, Argentina.
  • 4 Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires (IEGEBA), CONICET - Universidad de Buenos Aires, 2160 Intendente Güiraldes St., C1428EGA, Buenos Aires, Argentina. marting@ege.fcen.uba.ar.
  • 5 Departamento de Ecología, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Genética y Evolución, Universidad de Buenos Aires, 2160 Intendente Güiraldes St., C1428EGA, Buenos Aires, Argentina. marting@ege.fcen.uba.ar.

    • DOI: 10.1007/s00284-025-04268-0 PMID: 40382489

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    Escherichia cryptic clades represent a relatively unexplored taxonomic cluster believed to exhibit characteristics associated with a free-living lifestyle, which is known as the environmental hypothesis. This hypothesis suggests that certain Escherichia strains harbour traits that favour their environmental persistence, thus expanding the ecological commensal niche of the genus. While surveying Escherichia diversity in an urban South American stream we iso... ...点击完成人机验证后继续浏览

    隐秘支系的大肠杆菌代表了一个相对未被探索的分类群，被认为具有与自由生活生活方式相关的特征，这被称为环境假说。该假说认为，某些大肠杆菌菌株具备有利于其在环境中持久存在的特性，从而扩展了该属的生态共生领域。在调查南美城市河流中的大肠杆菌多样性时，我们分离出了第一例南美的隐秘支系IV菌株（339_SF）。在此，我们报告了对339_SF菌株的基因组特征描述，并将其与现有已知的大肠杆菌ruysiae (隐秘支系III和IV) 的基因组信息进行了对比。通过对来自不同生态来源和地理位置的同种物种基因组进行比较分析，揭示了我们的分离体与其环境起源菌株之间的密切亲缘关系。根据遗传内容，我们观察到在大肠杆菌ruysiae内部与环境来源相关的两个集群。此外，我们在环境菌株中发现了一些相对更丰富的基因：与碳水化合物代谢（ydjG）、应激反应和DNA损伤修复（如umuD、higA 和 yddM）相关的基因。另一方面，与防御其他微生物相关的rrrQ 基因在共生起源的基因组中显著丰富。我们的研究结果表明，在大肠杆菌ruysiae 中促进其在开放环境中持久存在的基因组特征可能已经多次出现，并且这些事件与使用替代能源以及对特定环境的各种应激源的抗性有关。

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    期刊名：Current microbiology

    缩写：CURR MICROBIOL

    ISSN：0343-8651

    e-ISSN：1432-0991

    IF/分区：2.6/Q3

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