El diagnóstico precoz puede ser un factor beneficioso para minimizar los riesgos para la salud relacionados con la multimorbilidad. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la asociación de multimorbilidad con interleucina 6 (IL-6), proteína C reactiva (PCR) y adiponectina en participantes de 22 años de edad en la cohorte de nacimientos de Pelotas, Rio Grande do Sul, Brasil. La muestra estuvo conformada por 3.578 sujetos de 22 años de edad que tuvieron mediciones en suero de IL-6, PCR y adiponectina. Para evaluar la multimorbilidad, se utilizó una lista de 15 morbilidades, divididas en subgrupos (trastornos cardiometabólicos, pulmonares, alérgicos y mentales). La aparición de ≥ 2 morbilidades fue mayor en mujeres (55,1%) que en hombres (45,2%). Se encontró una asociación negativa entre la multimorbilidad y la adiponectina en las mujeres, mientras que se observaron asociaciones positivas entre el número de enfermedades y la IL-6 y la PCR en los hombres. Para ambos sexos, el problema cardiometabólico tuvo una mayor asociación consistente de morbilidad con los marcadores. El análisis aislado de las enfermedades identificó que la dislipidemia fue la única condición cardiometabólica asociada con los marcadores fisiológicos. Los hallazgos indican una asociación inversa entre la multimorbilidad y la adiponectina en mujeres, así como una asociación acumulativa directa entre el número de enfermedades e IL-6 y PCR en hombres jóvenes.