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The plant genome. 2024 Nov 27:e20534. doi: 10.1002/tpg2.20534 Q13.82025

Chromosome-level genome assembly of Iodes seguinii and its metabonomic implications for rheumatoid arthritis treatment

Iodes seguinii染色体水平基因组组装及其代谢组学对类风湿关节炎治疗的启示 翻译改进

Xun Gong  1, Hantao Zhang  2, Yinluo Guo  2, Shaoshuai Yu  3, Min Tang  2

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作者单位

  • 1 Department of Rheumatology & Immunology, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang, China.
  • 2 School of Life Sciences, Jiangsu University, Zhenjiang, China.
  • 3 Department of Pharmacy, Affiliated People's Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang, China.

    • DOI: 10.1002/tpg2.20534 PMID: 39603810

    摘要 中英对照阅读

    Iodes seguinii is a woody vine known for its potential therapeutic applications in treating rheumatoid arthritis (RA) due to its rich bioactive components. Here, we achieved the first chromosome-level assembly of the nuclear genome of I. seguinii using PacBio HiFi and chromatin conformation capture (Hi-C) sequencing data. The initial assembly with PacBio data produced contigs with an N50 length of 9.71 Mb, and Hi-C data anchored these contigs into 13 chrom... ...点击完成人机验证后继续浏览

    伊沃德塞金尼是一种木质藤本植物，因其潜在的治疗类风湿性关节炎（RA）的作用而闻名，这归功于其丰富的生物活性成分。在这里，我们使用PacBio HiFi和染色质构象捕获（Hi-C）测序数据实现了I. seguinii核基因组的第一个染色体水平组装。仅使用PacBio数据进行的初始组装产生了N50长度为9.71 Mb的contigs，并通过Hi-C数据将这些contigs锚定到13条染色体上，总长度达到273.58 Mb，与估计的基因组大小非常接近。质量评估包括BUSCO、长末端重复序列组装指数、转录组映射率和测序覆盖率确认了该组装的高度质量和完整连续性，鉴定出115.28 Mb的重复序列、1062个RNA基因和25,270个蛋白质编码基因。此外，我们使用Illumina测序数据组装并注释了大小为150,599 bp的叶绿体基因组，其中包含包括关键DNA条形码在内的121个基因，发现maturase K（matK）对于物种鉴定非常有效。系统发育分析将I. seguinii定位在Lamiales谱系的基础位置，并确定了重要的基因家族扩张和收缩，特别是与次级代谢物合成和DNA损伤修复相关的那些。代谢组学分析鉴定了伊沃德塞金尼中的84种活性成分，包括发现的木犀草素（luteolin），并预测了119个针对RA治疗的目标，其中包括核心目标如AKT1、 toll-like受体 4 (TLR4)、表皮生长因子受体 (EGFR)、肿瘤坏死因子 (TNF)、TP53、NFKB1、janus激酶 2 (JAK2)、BCL2、丝裂原活化蛋白激酶 1 (MAPK1) 和脾相关酪氨酸激酶 (SYK)。重点突出具有抗炎活性的黄酮类和多酚等关键活性成分，特别是发现的木犀草素强调了其潜在的治疗作用。这些发现为I. seguinii的发展与应用提供了宝贵的基因组资源和科学依据，填补了伊沃德属（Iodes）及依卡西纳目（Icacinales）中的基因组空白，并突显了进一步进行基因组学、转录组学以及代谢组学研究的必要性，以全面探索其潜在价值。

    © 2024 The Author(s). The Plant Genome published by Wiley Periodicals LLC on behalf of Crop Science Society of America.

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    期刊名：Plant genome

    缩写：PLANT GENOME-US

    ISSN：N/A

    e-ISSN：1940-3372

    IF/分区：3.8/Q1

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