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The plant genome. 2024 Dec;17(4):e20523. doi: 10.1002/tpg2.20523 Q13.82025

k-mer genome-wide association study for anthracnose and BCMV resistance in a Phaseolus vulgaris Andean Diversity Panel

基于二豆裂殖群安第斯多样性种质 panel 的抗炭疽病和抗 bean common mosaic virus 基因组-wide 协同遗传分析 翻译改进

Andrew T Wiersma  1  2  3, John P Hamilton  4  5  6, Brieanne Vaillancourt  4  5, Julia Brose  4  5, Halima E Awale  2, Evan M Wright  2, James D Kelly  2, C Robin Buell  3  4  5  6  7  8

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作者单位

  • 1 Archer Daniels Midland Company, New Plymouth, Idaho, USA.
  • 2 Department of Plant, Soil and Microbial Sciences, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA.
  • 3 Plant Resilience Institute, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA.
  • 4 Department of Plant Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA.
  • 5 Center for Applied Genetic Technologies, University of Georgia, Athens, Georgia, USA.
  • 6 Department of Crop and Soil Sciences, University of Georgia, Athens, Georgia, USA.
  • 7 Institute of Plant Breeding, Genetics & Genomics, University of Georgia, Athens, Georgia, USA.
  • 8 The Plant Center, University of Georgia, Athens, Georgia, USA.

    • DOI: 10.1002/tpg2.20523 PMID: 39397345

    摘要 中英对照阅读

    Access to broad genomic resources and closely linked marker-trait associations for common beans (Phaseolus vulgaris L.) can facilitate development of improved varieties with increased yield, improved market quality traits, and enhanced disease resistance. The emergence of virulent races of anthracnose (caused by Colletotrichum lindemuthianum) and bean common mosaic virus (BCMV) highlight the need for improved methods to identify and incorporate pan-genomic... ...点击完成人机验证后继续浏览

    获得广泛的基因组资源和与常见豆类（Phaseolus vulgaris L.）性状紧密相关的标记关联，可以促进开发产量更高、市场品质更好且疾病抗性更强的改良品种。由Colletotrichum lindemuthianum引起的煤斑病和由豆荚普通 mosaic 病毒 (BCMV) 引起的新出现的致病菌株突显了改进方法以识别并整合泛基因组变异在疾病抗性育种中的必要性。我们对P. vulgaris 安第斯多样性面板（ADP）进行了测序，并进行了全基因组关联研究（GWAS），以确定对BCMV和八个煤斑病菌株的抗性的关联。历史上的单核苷酸多态性（SNP）芯片数据和表型数据使得可以比较基于 SNP 芯片、参考基因组的全基因组从头测序（WGS-SNP）以及无参考基因组的 k-mer（短核酸子序列）GWAS 结果。在所有性状中，SNP 芯片、WGS-SNP 和 k-mer GWAS 结果之间的一致性非常出色——尽管对于 WGS 数据集来说，标记分辨率要高得多。显著的 k-mer 基因型变异揭示了北美育种材料和品种中与 I-基因和 Co-u 性状连锁的选择。由于结构变异，只有 9.1% 到 47.3% 的显著关联的 k-mer 可以映射到参考基因组上。因此，为了确定cis相关k-mer的遗传背景，我们生成了四个ADP材料的草图全基因组组装，并识别出与抗煤斑病和BCMV相关的扩展局部疾病抗性基因谱。在泛基因组背景下获得变异数据的情况下，现在可以对常见豆类农艺性状进行高分辨率定位。

    © 2024 The Author(s). The Plant Genome published by Wiley Periodicals LLC on behalf of Crop Science Society of America.

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    期刊名：Plant genome

    缩写：PLANT GENOME-US

    ISSN：N/A

    e-ISSN：1940-3372

    IF/分区：3.8/Q1

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